এ স্কুলে মাধ্যমিক স্তর পর্যন্ত পাঠদানের ক্ষেত্রে নিম্নোক্ত পাঠ্যক্রম অনুসারে করা হয়:
০১. ঢাকা শিক্ষাবোর্ড, ঢাকা এর প্রণীত ও অনুমোদিত পাঠ্যক্রম (৬ষ্ঠ শ্রেনি থেকে ১০ম শ্রেনি পর্যন্ত)
০২. স্কুলের নিজস্ব পাঠ্যক্রম অনুসরণ করা হয়।
ঢাকা শিক্ষাবোর্ড এবং মহাখালী মডেল হাই স্কুল এর নিজস্ব সিলেবাস অনুযায়ী এর পাঠ্যক্রম চালু রয়েছে। ঢাকা শিক্ষাবোর্ড অনুমোদিত সিলেবাসসহ ইংরেজি ভাষায় দক্ষতা বৃদ্ধির লক্ষ্যে বিশেষ গুরুত্ব দেয়া হয়। এ জন্যে ইংরেজি বিষয়ে নিজেদের রচিত পুস্তক অতিরিক্ত পড়ানো হয়। ৯ম ও ১০ম শ্রেণীতে বিজ্ঞান,মানবিক ও ব্যবসায় শিক্ষা বিভাগ চালু রয়েছে।
